Desde el punto de vista doctrinal, se puede identificar otro rasgo común al ocultismo y al teosofismo: la extraordinaria confusión de sistemas, fechas y obras, concepciones filosóficas, religiosas y científicas. Establecer la fraternidad humana sobre bases intelectuales y culturales tan discutibles, y combatir la coherencia de los sistemas materialistas oponiéndole tal incoherencia del espiritualismo, no podía sino reforzar, por el contrario, las tesis opuestas y acentuar una grave división entre ciencia, filosofía y religión. Encausse, que se hacía llamar Papus por un nombre de espíritu encontrado en el Nyctameron de Apolonio de Tiana, era un líder indiscutible. Negaba ser un hacedor de milagros o una persona inspirada, y se presentaba como un científico y experimentador. Debía sus ideas a Saint-Yves d’Alveydre, pero también a Wronski y, sobre todo, a Éliphas Lévi y Fabre d’Olivet. El pensamiento de Louis-Claude de Saint-Martin también le impresionó profundamente hacia 1889, poco después de su ruptura (en 1888) con la Sociedad Teosófica de Madame Blavatsky. Fue también en 1889 cuando se unió a la Orden Cabalística de los Rosacruces, fundada por Peladan ese mismo año. La Orden Martinista, fundada por Papus y Augustin Chaboseau en 1891, debe su nombre a la memoria de Saint-Martin y quizás a la de Martines de Pasqually.
