Los ríos forman parte de los humedales que sustentan muchos hábitats y especies, algunas de las cuales son migratorias. En el hemisferio norte, especies como el salmón, los castores, las nutrias, los cangrejos de río, los invertebrados y las plantas y algas desempeñan un papel importante. Algunas de estas especies están amenazadas, en la lista roja o protegidas por la legislación medioambiental. Algunos hábitats amenazados o de interés europeo pueden entrar en el ámbito de la Directiva de Hábitats de la Unión Europea. Los ríos, al recoger el agua de la microcuenca, son también el receptáculo de numerosas contaminaciones (domésticas, urbanas, industriales, agrícolas), lo que explica que los organismos de agua dulce figuren entre las especies más amenazadas del mundo. Algunos ríos están en contacto directo con la capa freática que los alimenta.