Una cuestión ética clave en el uso de personal militar como sujetos de investigación es si los individuos de las fuerzas armadas son libres de aceptar o rechazar la participación en la investigación. La participación voluntaria ha sido reconocida como un requisito esencial para la experimentación humana ética; es la piedra angular del Código de Nuremberg, publicado en 1947 como parte del enjuiciamiento de los médicos nazis. Algunos especialistas en bioética han expresado su preocupación por el hecho de que la disciplina militar, con su énfasis en el cumplimiento de las órdenes y la cadena de mando, pueda limitar la capacidad de una persona para tomar decisiones no coaccionadas sobre la participación en la investigación. No está claro, por ejemplo, cómo la participación en un estudio de investigación difiere significativamente de otras tareas peligrosas que se esperan del personal militar. (Tal vez sea de interés investigación también sobre el desastre militar). La negociación del equilibrio entre el respeto de la autonomía individual y las necesidades de los militares es más problemática cuando las naciones están en guerra. Durante la Segunda Guerra Mundial (1939-1945) se invocaron las necesidades médicas de los militares para justificar el uso experimental de vacunas y medicamentos en las poblaciones militares, así como la investigación no terapéutica sobre objetores de conciencia, huérfanos, prisioneros y enfermos mentales. Cerca de 60.000 militares estadounidenses fueron reclutados a través de “mentiras y medias verdades” en pruebas secretas de agentes de mostaza (mostaza de azufre y nitrógeno) y lewisita (un compuesto de arsénico).
