La metafísica moderna temprana es en gran parte una respuesta a los desafíos que los espectaculares avances de la física y la astronomía plantearon a la teología y la filosofía aristotélica. Francis Bacon (1561-1626) es la figura que tal vez mejor marca la transición entre la filosofía del Renacimiento y la de la Edad Moderna. La principal obra de Bacon, El Nuevo Organon, como su título indica, fue un intento de suplantar la autoridad de Aristóteles. Dos doctrinas de esa obra constituyen la base de muchos de los debates de la época. En primer lugar, Bacon afirmaba que una parte tradicional de la metafísica, la investigación de las causas finales, o propósitos, de la naturaleza, es estéril, despojando así a la ciencia natural de un importante elemento teológico. En segundo lugar, Bacon negó que las formas, entendidas como tipos naturales abstractos, sean principalmente lo que existe. La metafísica, según Bacon, es el estudio de las causas primeras y formales en la naturaleza. Es, en definitiva, el estudio de las leyes o razones más generales por las que se pueden entender los acontecimientos naturales. René Descartes (1596-1650) siguió a Bacon al negar que las explicaciones en términos de causas finales sean apropiadas en las ciencias. Defendió la existencia y la perfección de Dios, pero centró su metafísica, al igual que Bacon, en dar cuenta del mundo natural.